湖南省麓谷中小企业融资担保有限公司按现代企业制度的要求建立了一套科学、严谨的货币资本与人力资本协调发展的企业管理组织架构，设有健全的公司股东会、董事会、监事和总经理等决策与监督机构。经营管理实行董事会领导下的总经理负责制，总经理下设担保业务部、风险管理部、法律事务部、财务部、综合部等部门，分别负责市场营销、业务承保、风险管控、法律事务、财务行政等方面的工作。公司还设立了“担保业务评审委员会”、 “风险资产管理委员会”，进一步强化了公司对担保业务的风险管理，确保各项担保业务正常良性发展，提升公司资产质量。